Для этого задания я использовала геном вируса Rabbit coronavirus HKU14. Скачать геном!
Я сделала файл с координатами нужных участков, то есть перед кодирующими участками длины 100. Затем с помощью команды seqret @mycoords.txt -out seqqq.fasta я получила 'upstream- файл'и сменила названия. Файл с upstream последовательностями
Потом с помощью команды meme seqqq.fasta -oc result -dna -mod zoops -nmotifs 3 -minsites 2 -maxsites 600 -minw 6 -maxw 50 я получила выдачу MEME, которую рассмотрим далее.
Cамым подходящим мне показался первый мотив.
